Von 1610 an war Christoph Scheiner für einige Jahre Professor in Ingolstadt. Er baute als erster ein Teleskop mit dem optischen Aufbau, den Johannes Kepler vorgeschlagen hatte. Bei so einem Instrument steht das Bild auf dem Kopf, was aber bei Himmelsbeobachtungen keine Rolle spielt.

Christoph Scheiner beobachtete unter anderem die Flecken auf der Sonne und bestimmte mit ihrer Hilfe die Rotationsdauer und die Achsenneigung unseres Sterns. Er war sicher nicht der Erste, der Sonnenflecken beobachtet hat, aber vor ihm hat sich kaum jemand so intensiv mit ihnen beschäftigt.

Mit Galileo Galilei geriet Scheiner in einen erbitterten Prioritätenstreit um die Sonnenflecken. Zwischen beiden gab es jahrzehntelang Konflikte, weil der Jesuit das neue Weltbild mit der Sonne im Zentrum des Planetensystems ablehnte. Während des berühmten Galilei-Prozesses war er in Rom und dürfte Einfluss auf das Verfahren gehabt haben.

Christoph Scheiner hat sich zudem viel mit der Anatomie des Auges und atmosphärischen Phänomenen beschäftigt. Er untersuchte den optischen Aufbau des Auges und erkannte, dass auf der Netzhaut das Bild auf dem Kopf steht.

Seine letzten Lebensjahre verbrachte Christoph Scheiner im schlesischen Neisse. Dort ist er 1650 im Alter von fast 75 Jahren verstorben.