Allerdings traten schon bald nach dem Start erste Probleme auf. So ließ sich nicht mit Sicherheit klären, ob der Ausleger mit einem Teil der wissenschaftlichen Instrumente komplett ausgefahren wurde oder nicht.
Unklar war vor allem, ob es sich um ein reales mechanisches Problem handelte oder aber um ein internes Kommunikationsproblem.
Diese Unsicherheit führte dazu, dass der ursprünglich für den ersten September vorgesehene Start von Voyager eins um vier Tage verschoben wurde.
Vier Monate nach dem Start wurde Voyager zwei dann von der zwar später gestarteten, dafür aber etwas schneller treibenden Schwestersonde überholt. Am ersten Ziel, dem Planeten Jupiter, betrug deren Vorsprung bereits gut vier Monate.
In der Folgezeit wurde der Rückstand von Voyager zwei auf die Schwestersonde immer größer, bis sich ihre Wege nach dem Vorbeiflug am Saturn trennten.
Während Voyager eins, von dessen Schwerefeld schräg aus der Bahnebene der Planeten herausgeschleudert wurde, flog Voyager zwei anschließend noch an Uranus und Neptun vorbei - zwei bis heute einmalige Besuche bei diesen fernen Planeten.
Inzwischen ist die Sonde mehr als siebzehn Milliarden Kilometer von Sonne und Erde entfernt.