Nach seinem Studium wanderte er in die USA aus und reiste in den 50er Jahren für die Universität von Chicago nach Chile, um in der Nähe Santiagos einen Berg für ein kleines Teleskop auszuwählen.Doch Jürgen Stock erkannte schnell, dass der Norden des Landes viel besser für die Astronomie geeignet ist. Vom Ort Vicuña aus ritten er und seine Expeditionsteams auf verschiedene Berge.

In den Nächten zeichneten sie Bewölkungsgrad, Luftunruhe, Wind und Luftfeuchte auf. Drei Jahre lang dauerten diese Testbeobachtungen. Oftmals mussten die Astronomen die komplette Ausrüstung auf Mauleseln transportieren: Teleskope, Messinstrumente, Zelte und die Verpflegung für Mensch und Tier. Die Wahl fiel schließlich auf den Berg Tololo. Dort errichteten die US-Astronomen ein großes Observatorium – Jürgen Stock war der Gründungsdirektor.

Stocks Doktorvater Otto Heckmann trieb zeitgleich in Südafrika die Gründung der Europäischen Südsternwarte voran. Als er von Jürgen Stock erfahren hatte, dass die Bedingungen in Chile viel besser sind, wechselte auch die ESO nach Südamerika. Inzwischen stehen nirgendwo sonst so viele Spitzenteleskope wie im Norden Chiles.

Nach der Wahl von Präsident Salvador Allende 1970 musste Jürgen Stock als Amerikaner das Land verlassen. Er ist 2004 im Alter von 80 Jahren in Venezuela gestorben. Die Astronomen verdanken ihm den Himmel auf Erden.