Nach einem kurzen Aufenthalt in Wien floh er vor der Pest nach Landshut und zog später nach Ingolstadt. 1524, da war er noch keine 30 Jahre alt, erschien sein Werk "Cosmographia".
Darin entwickelte Petrus Apianus die Methode, wie man den Abstand des Mondes von bestimmten Sternen für die Navigation auf hoher See nutzen könnte. Damals war dies wenig praktikabel, weil ohne Teleskop die Beobachtungsgenauigkeit nicht ausreichte. Aber Jahrhunderte später spielte dieses Messprinzip zur Längenbestimmung eine große Rolle.
Im Jahr 1531 verfolgte Petrus Apianus die Erscheinung des Kometen Halley. Dabei entdeckte er, dass der Schweif eines Kometen stets genau von der Sonne weg zeigt und nicht etwa durch die Bewegung des Kometen zustande kommt.
Petrus Apianus verfügte über eine eigene Druckerei und sorgte so für eine schnelle Verbreitung seiner Werke. Sein Buch "Astronomicum Caesareum" enthält eine damals äußerst populäre Karte des gesamten Himmels.
Zum Dank für die großzügige Förderung Kaiser Karls V. blieb Petrus Apianus in Ingolstadt und lehnte Rufe an andere Universitäten ab.
1552 ist Apianus, den historische Quellen als "fleißigen Beobachter" loben, gestorben. Der bedeutende Mathematiker und Kartograph wurde 57 Jahre alt.