Der Prozess gegen ihn soll nach Angaben des Landgerichtes Berlin am 21. September beginnen. Angesetzt sind zunächst zwölf Verhandlungstage. Die Berliner Staatsanwaltschaft wirft dem CSU-Politiker vor, bei einer Befragung im Maut-Untersuchungsausschuss des Bundestags gelogen zu haben. Mitangeklagt ist der ehemalige Staatssekretär Gerhard Schulz. Beide bestreiten den Vorwurf. 

Die Pkw-Maut war 2019 vom Europäischen Gerichtshof als rechtswidrig gestoppt worden. In der Kritik stand vor allem, dass Scheuer Betreiberverträge zur Pkw-Maut schon Ende 2018 abgeschlossen hatte, ohne das ausstehende Urteil des EuGH abzuwarten. Der deutsche Staat musste infolge dessen über 240 Millionen Euro Schadenersatz an die vorgesehenen Betreiber zahlen.