Er werde das Amt zum Januar aufgeben, schrieb er auf der Plattform X. Bevor Bongino FBI-Vize wurde, hatte er als Podcaster Verschwörungstheorien verbreitet. So hatte er unter anderem im Fall des Sexualstraftäters Jeffrey Epstein die im Obduktionsbericht festgehaltene Todesursache Suizid angezweifelt und die Vermutung geäußert, dieser sei in seiner Gefängniszelle getötet worden, um die Taten Dritter zu verschleiern.

Präsident Trump kommentierte Bonginos Rückzug gegenüber Reportern mit den Worten, dieser habe großartige Arbeit geleistet und wolle wohl zurück zu seiner Show.