Windkraftanlagen gefährdeten insbesondere viele heimische Brutvogelarten durch ihre schweren Rotorblätter, teilte die Stiftung unter Verweis auf eine von ihr beauftragte Studie mit. Teilweise seien deshalb nachträgliche Abschaltauflagen nötig. Diese könnten je nach Tageszeit, saisonalem Zugverhalten oder lokalem Brutvorkommen variieren. Langfristig müssten jedoch all jene Windkraftanlagen abgebaut werden, die sich in der Nähe von Vogelschutzgebieten mit besonders kollisionsgefährdeten Arten wie Schreiadler, Wiesenweihe oder Rotmilan befinden. Betroffen wären laut der Studie rund zwei Prozent aller Windkraftanlagen in Deutschland.

Demnach stehen fast 500 innerhalb von Schutzgebietsgrenzen. Zudem liegen etwa 60 Prozent aller Vogelschutzgebiete im gesetzlich relevanten Prüfbereich für Windkraftanlagen.