Laut Berichten der Zeitungen "Die Welt" und "Augsburger Allgemeine" gehört Märkl der bayerischen AfD an. Deren Vorsitzender, Protschka, bestätigte die Mitgliedschaft indirekt. Wenn es einen Beleg gebe, dass Märkl bei der Identitären Bewegung aktiv sei, werde er aus der Partei geworfen, sagte Protschka. Eine Mitgliedschaft in der Organisation wird von der Unvereinbarkeitsliste der AfD für Parteimitglieder ausgeschlossen.

Märkl war kürzlich bei einer Podiumsdiskussion im Spreewald an der Seite der Führungsfigur der Identitären Bewegung, Sellner, aufgetreten. Dort bezeichnete er sich selbst als Bundessprecher der Organisation.