Sie starb mit 48 Jahren, teilte ihre Partei Bündnis 90/Die Grünen mit. Ihr plötzlicher Tod treffe die Fraktion tief. Zu den Umständen ihres Todes wurden keine Angaben gemacht. Aeffner war unter anderem für die Behindertenpolitik zuständig. Sie hatte selbst im Rollstuhl gesessen.