Im Raum steht unter anderem der Vorwurf, sie habe vom EU-Parlament bezahlte Mitarbeiter für Aufgaben eingesetzt, die nichts mit ihrer Tätigkeit als Parlamentarierin zu tun hatten. Außerdem besteht der Verdacht, dass sie vorschriftswidrig die Erstattung von Reisekosten für Reisen zu den Parlamentsorten Straßburg und Brüssel beantragt hat. Niebler weist die Vorwürfe zurück.

Die Europäische Staatsanwaltschaft hatte bereits im vergangenen Herbst um die Aufhebung der Immunität Nieblers gebeten. Der Justizausschuss des Parlaments hatte sich Anfang Mai noch gegen Ermittlungen ausgesprochen. Zur Begründung hieß es, die Hinweise auf mögliches Fehlverhalten Nieblers könnten von einer früheren Mitarbeiterin "mit einem direkten politischen Motiv" eingereicht worden sein. Zudem wurde auf angebliche "Unstimmigkeiten" in dem Antrag verwiesen.

Niebler ist seit 1999 Europaabgeordnete. Seit 2015 ist sie stellvertretende CSU-Vorsitzende.