Die duftende Mücken-Händelwurz kann wegen ihrer Blütenform nur von Insekten mit langem Saugrüssel wie Schmetterlingen bestäubt werden. Sie ist unter anderem auf extensiv beweideten Wiesen sowie in Nieder- und Quellmooren zu finden.

Im Norden Deutschlands ist ihr Vorkommen stark rückläufig. Gründe sind klimatische Veränderungen und die seit Jahrzehnten zu beobachtende Veränderung bei der Nutzung von Wiesenflächen. Auf intensiv bewirtschafteten landwirtschaftlichen Flächen wächst die Art nicht. Die Lebensräume vieler Orchideen sind bedroht. Die Arbeitskreise Heimischer Orchideen setzen sich in den Bundesländern für die Pflege vorhandener Biotope ein. Seit 1988 wird jährlich eine heimische, wildlebende Art zur Orchidee des Jahres gekürt. In Deutschland gibt es den Angaben nach bis zu 80 Arten.