In der Stichwahl setzte sich der Herausforderer Krause gegen den seit zwölf Jahren amtierenden SPD-Politiker Reiter durch. In Bayerns zweitgrößter Stadt Nürnberg verteidigte der CSU-Oberbürgermeister König in der zweiten Runde der Kommunalwahlen das Rathaus. Auch die Freien Wähler konnten einige Erfolge verbuchen, unter anderem in den Landkreisen Kelheim, Kempten und Berchtesgadener Land. In Rosenheim verlor die CSU nach mehr als 60 Jahren den Oberbürgermeister-Posten, der künftig von der SPD besetzt wird.

Die Stichwahlen in Bayern wurden in 29 Landkreisen und mehr als 250 Städten und Gemeinden durchgeführt.