Die deutschen Hansestädte an der Ostsee waren Jahrhunderte lang nicht nur bedeutende Handelsmetropolen, sondern auch wichtige Zentren der Orgelmusik. Zahlreiche Instrumente vom 15. bis 19. Jahrhundert standen in den Backsteinkirchen von Lübeck bis Stralsund. Während viele von ihnen, wie die berühmte Lübecker Totentanz-Orgel, den Zerstörungen des Zweiten Weltkrieges zum Opfer fielen, blieben die Instrumente in Stralsund im Wesentlichen erhalten. Lediglich die von Friedrich Albert Mehmel 1877 vollendete große romantische Orgel in der Sankt-Jakobi-Kirche war durch einen Bombentreffer beschädigt worden.
Nach dem Ende des Krieges und auch als das Gotteshaus zu DDR-Zeiten als Bauhof diente, wurde das Pfeifenwerk fast komplett geplündert und der Spieltisch demoliert.
Noch bevor Stralsund 2002 den UNESCO-Weltkulturerbestatus erhielt, begannen die Diskussionen um den fast leeren Prospekt in der Kirche. Jetzt hat der Dresdner Orgelbauer Kristian Wegscheider darin ein neues Instrument errichtet, das im September 2020 eingeweiht wurde. Es ist eine bemerkenswerte Ergänzung zu den historischen Orgeln der beiden anderen großen Kirchen vor Ort und macht Stralsund damit zur "Orgelstadt".
