Es besorge sie, dass die Union zahlreiche Vorwürfe gegen sie und ihr Ministerium auf Grundlage von Mutmaßungen und Unterstellungen konstruiere, sagte die FDP-Politikerin der „Rheinischen Post“. Das schade der Debattenkultur und somit der Demokratie in Deutschland. CDU und CSU sollten zur Sachlichkeit zurückkehren, führte Stark-Watzinger aus. Die Union moniert fehlenden Aufklärungswillen bei ihr. Die Fraktion hatte Stark-Watzinger einen umfangreichen Fragen-Katalog zukommen lassen.

Das Bildungsministerium ließ Konsequenzen für Dozenten prüfen, die in einem umstrittenen Offenen Brief pro-palästinensische Protestaktionen an Universitäten verteidigt hatten. Dabei ging es auch um die mögliche Kürzung von Fördermitteln für Forschungsprojekte. Stark-Watzinger bestreitet, diesen Prüfauftrag erteilt oder gewollt zu haben. Sie machte ihre Staatssekretärin Döring dafür verantwortlich und trennte sich von ihr.