Thomas steht deshalb öffentlich in der Kritik. In dem Bericht werden Flüge in einer Maschine des Immobilienunternehmers Harlan Crow sowie von diesem übernommene Hotelbuchungen aufgeführt. Richter Thomas begründet beides damit, dass ihm aus Sicherheitsgründen zum Verzicht auf Linienflüge geraten worden sei. Hintergrund sei seine ablehnende Haltung zum Abtreibungsrecht und die Reaktion gewaltbereiter Linker darauf.

Am Supreme Court, dem höchsten US-amerikanischen Gericht, vertritt Thomas in der Regel äußerst konservative Positionen. Nach dem Bekanntwerden der Flüge auf Kosten des ebenfalls sehr konservativ geltenden Milliardärs wurde die Unabhängigkeit des Juristen in Zweifel gezogen. Er nutzte demnach mit seiner Familie unter anderem auch die Jacht des Unternehmers.