Angesichts der Bedeutung des Falls solle die Verantwortung bei ihm liegen, erklärte Austin in einem Memorandum. Die vom Verteidigungsministerium entsandte Aufseherin über das Verfahren wurde umgehend von ihren Aufgaben entbunden.

Republikaner und Angehörige der Opfer vom 11. September sowie Ersthelfer hatten die Vereinbarungen kritisiert, die mit Chalid Scheich Mohammed sowie zwei Mitbeschuldigten ausgehandelt worden waren. Erst Mitte der Woche hatte das US-Verteidigungsministerium mitgeteilt, die drei Männer wollten sich gemäß einer Vereinbarung mit der Justiz schuldig bekennen. Nach Informationen der "New York Times" wären sie damit der Todesstrafe entgangen und hätten eine lebenslange Haftstrafe erhalten.