In der Stichwahl setzte sich der Herausforderer Krause gegen Amtsinhaber Reiter von der SPD durch. Neben München wurden in Bayern in mehr als 250 weiteren Städten und in 29 Landkreisen und Gemeinden Stichwahlen durchgeführt. Die Freien Wähler konnten dabei die Zahl ihrer Landratsposten von 14 auf 28 verdoppeln. Parteichef Aiwanger kündigte an, auf Landesebene weiterhin konstruktiv mit dem Koalitionspartner CSU zusammenzuarbeiten.

CSU-Chef Söder sprach von einem durchwachsenen Abend für seine Partei. Er sah aber keinerlei Mitverantwortung der Parteispitze, vielmehr seien die Ergebnisse bei Kommunalwahlen stärker von den jeweiligen Personen abhängig.