Es waren nicht die großen, bekannten Tiere, die das Interesse des Zoologen Ernst Haeckel weckten, sondern winzige Strahlentierchen, sogenannte "Radiolarien", Kalkschwämme, Korallen – mit bloßen Auge oft kaum zu sehen, oder "Medusen", buntschillernde Quallen, mit Worten schwer zu beschreiben.
"Denkt Euch einen zierlichen schlanken Blumenstock, dessen Blätter und bunte Blüten durchsichtig wie Glas sind, und der sich in den zierlichsten und lebhaftesten Bewegungen durch das Wasser schlängelt, einzelne Individuen einer Art, welche die Gestalt eines reich verzierten Ritterhelmes besitzt."

Glücklicherweise besaß Ernst Haeckel auch großes künstlerisches Talent. Er fertigte Hunderte von prachtvollen Zeichnungen und Aquarellen dieser geheimnisvollen Tiefseeschönheiten an und machte damit wiederum die Biologie "populär": Seine Sammlung "Kunstformen der Natur" fehlte im letzten Jahrhundert in kaum einem bildungsbürgerlichen Haushalt; und sie hat eine ganze Kunstrichtung geprägt, den Jugendstil.

Ernst Haeckel, 1834 in Potsdam geboren, studiert zunächst Medizin, kann sich aber nicht für den Arztberuf begeistern und wendet sich stattdessen der Zoologie zu. Mit 28 Jahren wird er Professor in Jena. Er unternimmt immer wieder ausgedehnte Forschungsreisen in alle Erdteile und Weltmeere, bleibt aber der thüringischen Stadt und ihrer Universität ein Leben lang treu.

"Ihre eigenthümlichen Vorzüge, vor allem der Geist der freien Wissenschaft und Freien Lehre, boten mir die günstigsten Bedingungen für erfolgreiche Lebenstätigkeit."

Diese "Lebenstätigkeit" ist für Haeckel vor allem die Verbreitung der Evolutionstheorie Charles Darwins, die er allerdings weiterentwickelt: Nicht Zufall und einzelne Anpassungsschritte bestimmen seiner Ansicht nach die Evolution, sondern ein strenges Ordnungsprinzip: Haeckel glaubt, dass der Stammbaum des Lebens aus einer einzigen Ursubstanz "wächst" bis hin zur weitverzweigten "Krone" aus Säugetieren und Mensch:
"Als ich Darwin 1866 zum ersten Male in Down besuchte, befestigte sich in mir die schon aus dem Studium seiner Schriften gewonnene Ueberzeugung, daß die moderne Entwickelungslehre die große organische Natur nur als ein einziges, umfassendes G a n z e s, als ein überall zusammenhängendes "Lebensreich" begreifen und verstehen kann."

Ernst Haeckel entwickelt aus Darwins Theorie den "Monismus", eine naturphilosophische Weltanschauung, die von der Einheit von Geist und Materie, von Leib und Seele ausgeht und in der Gott als Schöpfer keinen Platz hat. Sein Buch dazu, "Die Welträtsel", ist sein auflagenstärkstes Werk. Aber weil er sich darin auch dezidiert gegen die Kirche ausspricht und sich zudem 1904 auf dem Internationalen Freidenker-Kongress in Rom feiern lässt, schlägt ihm auch heftiger Widerstand entgegen:
"Weil ich die Konsequenzen der natürlichen Weltordnung nicht scheue, weil ich die wissenschaftlichen Zöpfe so wenig schone wie die kläglichen Philisterseelen, gerade deshalb steigt die Zahl meiner Feinde von Tag zu Tag."

In seinen letzten Lebensjahren macht sich Haeckel noch selbst an die Ordnung seines umfangreichen Nachlasses und sorgt dafür, dass sein Haus in Jena, die "Villa Medusa", als Museum und Forschungseinrichtung der Universität genutzt werden kann. Am 9. August 1919 stirbt er, friedlich im Schlaf.
Und was bleibt von dem Naturforscher, Philosophen, Freidenker, Künstler? Die Bedeutung Ernst Haeckels für die Durchsetzung der Evolutionstheorie in Deutschland wurde lange Zeit nicht gewürdigt, weil er mit zunehmendem Alter deutliche sozialdarwinistische Tendenzen entwickelt hatte: Er sprach nun auch von unterschiedlichen "Menschenrassen" und – besonders in der Zeit des Ersten Weltkrieges – vom "Kampf ums Dasein" und "Überleben der Tüchtigsten". So wurden seine Schriften später zur Begründung der nationalsozialistischen Eugenik- und Rassenlehre herangezogen.

Heute wird ein besonderes Augenmerk auf Ernst Haeckel als einen der "Väter der Ökologie" gelegt, weil er als erster diesen Begriff definiert hat:
"Unter Oecologie verstehen wir die gesammte Wissenschaft von den Beziehungen des Organismus zur umgebenden Aussenwelt".
Was für ihn vor allem bedeutete, dass der Mensch die Natur verstehen und achten und sie sich nicht – dem christlichen Grundsatz folgend – "untertan machen" solle.