In der Regierung von George W. Bush agierte Cheney praktisch wie ein Geschäftsführer. Er war maßgeblich an der Umsetzung aller wichtigen Entscheidungen beteiligt. Cheney verteidigte konsequent die außergewöhnlichen Instrumente zur Überwachung, Inhaftierung und Vernehmung Terrorverdächtiger, die die US-Regierung als Reaktion auf die Anschläge vom 11. September 2001 einsetzte. Als außenpolitischer Falke verteidigte er die erneute US-Invasion im Irak auch dann noch, als sich die als Kriegsgrund behauptete Verbindung des Iraks zu den Terroristen von 11. September als falsch erwies.

In Bush zweiter Amtszeit entschieden Gerichte gegen Cheneys Bemühungen, die Befugnisse des Präsidenten auszuweiten und mutmaßliche Terroristen besonders hart zu behandeln. Auch übernahm Bush die harte Haltung seines Vizes gegenüber dem Iran und Nordkorea nicht vollständig. Seinen Ruf als Manipulator im Hintergrund tat Cheney mit einem Scherz ab. "Bin ich das böse Genie in der Ecke, das niemand jemals aus seinem Loch kommen sieht?", fragte er. "Es ist eigentlich eine nette Art, zu agieren."

Mit dem heutigen Präsidenten Trump überwarf sich Cheney schon vor Jahren, insbesondere nachdem sich seine Tochter Liz Cheney den Versuchen Trumps entgegengestellt hatte, trotz seiner Wahlniederlage 2020 im Amt zu bleiben. Nach dem Sturm von Trump-Anhängern auf das Kapitol am 6. Januar 2021 fällte Vater Cheney ein vernichtendes Urteil. "In der 246-jährigen Geschichte unseres Landes gab es noch nie eine Person, die eine größere Bedrohung für unsere Republik darstellte als Donald Trump", sagte er in einem Fernsehspot für seine Tochter. Vor der Wahl im vergangenen Jahr kündigte er an, für die Demokratin Kamala Harris zu stimmen.

Cheney litt seit Jahrzehnten unter Herzproblemen. Er überlebte fünf Herzinfarkte und bekam nach dem Ende seiner Amtszeit ein Spenderherz transplantiert. Seine Lebenszeit sei nur geliehen, sagte er. Jeden Morgen wache er "mit einem Lächeln auf den Lippen auf, dankbar für das Geschenk eines weiteren Tages", bekannte er 2013. Cheney hinterlässt seine Frau Lynne Anne Vincent, die er 1964 geheiratet hatte und neben Liz auch die zweite Tochter Mary.