Sie stammte aus Zwickau, hatte in Köln Physik studiert und war mit einem Fulbright-Stipendium nach Massachusetts gegangen. Später arbeitete sie am Observatorium Hoher List in der Eifel, erneut in den USA und schließlich an der Universität Münster.

Bis zum Eintritt in den Ruhestand leitete sie dort 20 Jahre lang das Astronomische Institut, das es inzwischen nicht mehr gibt. Sie beschäftigte sich vor allem mit Sternspektren, Novae und anderen explosiv veränderlichen Sternen.

Herausragende Bedeutung hat das von Waltraut Seitter geleitete Münster Redshift Project. Dabei hat sie die großräumige Verteilung von Galaxien im Universum vermessen und untersucht, was die Galaxien über die kosmische Entwicklung verraten. Dafür werteten Waltraut Seitter und ihr Team Aufnahmen von Weitwinkelteleskopen in Australien und der Europäischen Südsternwarte auf dem Berg La Silla in Chile aus. Die Gruppe stieß unter anderem auf erste Indizien für eine beschleunigte Ausdehnung des Kosmos – kurze Zeit später lieferten Supernova-Beobachtungen anderer Gruppen einen klaren Beleg dafür.

Waltraut Seitter war in gewisser Weise Deutschlands erste „Chef-Astronomin“. Vor 15 Jahren starb sie in Schalkenmehren in der Eifel – im Alter von 77 Jahren. Im letzten Jahr wurde der Vorschlag verworfen, sie mit der Benennung einer Straße in Münster zu ehren.